Лечение в санатории Юматово можно подразделить на несколько общих ветвей, это лечение  заболеваний пищеварительной системы, дыхания, нервной системы, заболеваний обмена веществ. Для лечения всех этих разнообразных нарушений организма существует несколько природных компонентов, на которых и основано лечение.

Первый источник жизненных сил организма – это, несомненно, юматовская минеральная вода, которая была отрыта в 1993 году. Ее используют для лечения недугов ЖКТ и нарушений обмена веществ. Также в санатории используют целебный напиток кумыс, который очень популярен в Башкирии. На протяжении многих лет он успешно используется для лечения желудочно-кишечного тракта, половых проблем у мужчин и ЦНС, улучшает эластичность сосудов.

В санатории практикуется бальнеотерапия. И это неспроста, ведь бальнеотерапия завоевала свою неоспоримую нишу в лечебном мире. Целебные свойства этой терапии заключаются в следующем: вы принимаете ванны с минеральной водой и давление жидкости распределяет нагрузку, действующую на тело, также оказывается химическое воздействие воды различными полезными минералами. Это оказывает благоприятное действие на сердечно-сосудистою систему и органы дыхания. В воде проводится массаж, который  дополнительно улучшает ее полезное воздействие.

В санатории применяется светолечение. Ультрафиолетовое излучение используется для снятия болей, оказывает противовоспалительное действие, приводит в тонус все органы. Инфракрасное излучение используется для местного теплового воздействия на проблемные органы. Для теплового воздействия также эффективно парафинолечение, которое назначается при проблемах с мышцами и суставами, а также при радикулите. Также в санатории применяется гирудотерапия (лечение посредством пиявок), которая в некоторых случаях дает потрясающий эффект по скорости выздоровления.

Наряду с перечисленными природными методами лечения, используются современные физиотерапевтические, оказывающие болеутоляющее, противовоспалительное, рассасывающее действие, нормализующие нарушенные функции нервной системы, улучшающие кровоснабжение.